أحدث المجلس العلمي الأعلى والمجالس العلمية في عهد أمير المؤمنين جلالة الملك الحسن الثاني، طيب الله ثراه، بموجب الظهير الشريف رقم 1.80.270 بتاريخ 3 جمادى الآخرة 1401 هـ (أبريل 1981 م)، وقد اقتصر عدد المجالس العلمية في بادئ الأمر على أربعة عشر مجلسا ليرتفع سنة 2000 م في مطلع العهد الزاهر لأمير المؤمنين جلالة الملك محمد السادس، حفظه الله، إلى تسعة عشر مجلسا. وخلال سنة 2004م، وفي سياق مشروع إصلاح الحقل الديني وإعادة هيكلة المؤسسات القائمة على هذا الشأن، صدر الظهير رقم 1.03.300 المؤرخ ب 2 ربيع الأول 1425 هـ (22 أبريل 2004 م) الذي أعيد بمقتضاه تنظيم المجالس العلمية، ومراجعة اختصاصات المجلس العلمي الأعلى.
وعرفت شبكة المجالس العلمية توسعا كبيرا حيث تضاعف عددها إلى ثلاثين مجلسا ثم إلى تسعة وستين مجلسا عام 2009، فاثنين وثمانين مجلسا عام 2014 تغطي سائر أقاليم المملكة وعمالاتها .
ويبقى عدد المجالس العلمية قابلا للزيادة كلما أحدثت عمالة أو إقليم بالمملكة.